blast-2.2.18을 기준으로 작성합니다. 현재 2.2.20이 나와있죠??
아마 옵션은 거의 동일할것입니다.
-제가 자주 쓰는 옵션 중심으로 설명합니다.
-t 데이터베이스에 Title걸어주는 옵션. 사용안해봐서 모르겠음. Maybe 일반적으로 input_filename에 대해서 결과 파일이 나오는데 결과파일의 이름을 바꿔주는 옵션일 수도.
-i 데이터베이스 만들려고 하는 파일
ex) -i database_file_name
-l formatdb시 생설될 로그 파일 이름 설정 옵션 설정 안해도 formatdb.log라는 파일 생성
-p input 파일 타입 설정. 기본적으로 protein 서열들이 들어올것으로 설정되어 있음.
ex) -p T (inputfile이 protein 서열)
-p F (inputfile이 nucleotide 서열)
-p F (inputfile이 nucleotide 서열)
-o Parse 옵션. NCBI에서 받은 정형화된 서열 format이 아니라면 F가 상책
임의의 fasta 파일의 경우 -o T 해주면 formatdb 생성 안됨.
ex) -o {T/F}
input파일이 ASN.1 형식의 파일일 경우 사용되는 옵션
-a Input file is database in ASN.1 format (otherwise FASTA is expected)
-b ASN.1 database in binary mode
지금까지 한번도 사용안해봄. 대충 감은 오시죠???
Posted by gwlee
