종오형님의 부탁으로 Websat 셋팅에 대해서 짧지만 긴 블로깅이 시작됩니다.
기본 디렉토리 구조
http://hostname/account/websat/ 로 접속 가능한 상태에서 설명 시작하겠습니다.
/home/account/public_html/websat -> HOME
/var/www/html/account (심볼릭 링크)
대부분 그냥 압축 파일 설정 풀면 다 되던데..;;
이녀석은 꽤나 까다롭습니다. 아직도 제대로 실행이 안되니깐요.
vi HOME/js/wesat.js
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/sat.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/sat.php", true);
....
var textoLoading = "<br/><br/><div class=\"labels\" style=\"text
-align: center; font-weight: bold;\">Finding repeats... <br/><img src=\"/websat/imagens/loading.gif\" /></div>";
>> var textoLoading = "<br/><br/><div class=\"labels\" style=\"text-align: center; font-weight: bold;\">Finding repeats... <br/><img src=\"imagens/loading.gif\" /></div>";
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/sat.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/sat.php", true);
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/primer.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/primer.php", true);
....
window.open("/cgi-local/websat/export.php", "WEBSAT_EXPORT
_POPUP", "");
>> window.open("cgi-local/export.php", "WEBSAT_EXPORT_POPUP", "");
[END]
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/sat.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/sat.php", true);
....
var textoLoading = "<br/><br/><div class=\"labels\" style=\"text
-align: center; font-weight: bold;\">Finding repeats... <br/><img src=\"/websat/imagens/loading.gif\" /></div>";
>> var textoLoading = "<br/><br/><div class=\"labels\" style=\"text-align: center; font-weight: bold;\">Finding repeats... <br/><img src=\"imagens/loading.gif\" /></div>";
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/sat.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/sat.php", true);
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/primer.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/primer.php", true);
....
window.open("/cgi-local/websat/export.php", "WEBSAT_EXPORT
_POPUP", "");
>> window.open("cgi-local/export.php", "WEBSAT_EXPORT_POPUP", "");
[END]
vi HOME/cgi-local/utils.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
$DIRETORIO_CGI = "/DOC_ROOT/cgi-local/websat/";
>> $DIRETORIO_CGI = "HOME/cgi-local/";
$DIRETORIO_BASE = "/DOC_ROOT/websat/";
>> $DIRETORIO_CGI = "HOME/";
$DIRETORIO_TROLL = "/TROLL_DIRECTORY/troll";
>> $DIRETORIO_TROLL = "/home/account/public_html/troll-0.2-linux-ia32/";
$DIRETORIO_MOTIFS = "/TROLL_DIRECTORY/troll";
>> $DIRETORIO_MOTIFS = "/home/account/public_html/troll-0.2-linux-ia32/";
$DIRETORIO_SEQ_UPLOAD = "/DOC_ROOT/websat/tmp/";
>> $DIRETORIO_SEQ_UPLOAD = "HOME/tmp/";
....
[END]
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
$DIRETORIO_CGI = "/DOC_ROOT/cgi-local/websat/";
>> $DIRETORIO_CGI = "HOME/cgi-local/";
$DIRETORIO_BASE = "/DOC_ROOT/websat/";
>> $DIRETORIO_CGI = "HOME/";
$DIRETORIO_TROLL = "/TROLL_DIRECTORY/troll";
>> $DIRETORIO_TROLL = "/home/account/public_html/troll-0.2-linux-ia32/";
$DIRETORIO_MOTIFS = "/TROLL_DIRECTORY/troll";
>> $DIRETORIO_MOTIFS = "/home/account/public_html/troll-0.2-linux-ia32/";
$DIRETORIO_SEQ_UPLOAD = "/DOC_ROOT/websat/tmp/";
>> $DIRETORIO_SEQ_UPLOAD = "HOME/tmp/";
....
[END]
vi HOME/cgi-local/sat.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
$motifFileName = "motifs" . $pMotifLen . ".dat";
>> $motifFileName = "motifs.dat";
....
[END]
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
$motifFileName = "motifs" . $pMotifLen . ".dat";
>> $motifFileName = "motifs.dat";
....
[END]
vi HOME/cgi-local/export.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
[END]
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
[END]
vi HOME/cgi-local/primer.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
[END]
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
[END]
메일에 적은 것과 같이 추가적인 프로그램이 필요합니다요
troll과 primer3
구글님께 검색해보시면 나오고요..
troll의 경우 제 경우에는 lib Error가 나서
libstdc++-libc6.2-2.so.3 설치해 주었습니다.
primer3는 make 해주시고 실행 파일을 troll 폴더로
옮기시면 별도의 파일 수정 없어도 됩니다.
Posted by gwlee
