gwLee's study :: DNA Club 사용법

DNA club 실행 후 DNA (or Protein) 서열을 붙이 모습

일반적으로 서열 작업을 할 때 쓰는 기능 [Convert]

[Reverse] 버튼을 클릭하면 새로운 창에 원래 서열에 대해서 역순의 서열이 만들어 진다.

[Reverse+Complement] 버튼을 누르면 역순에 상보적인 서열이 새창에 만들어진다.

서열을 변환시키는 것을 숙지하였으면 다음에 Primer를 만드는 방법에 대해서 보자.
[PCRPrimers]라는 기능을 사용하여 제작할 수 있다.

[PCRPrimers]라는 기능 및에 Start Primer Selection 이라는 기능이 제공되고 있지만,
여기에서는 하나씩 만드는 방법을 다루도록 하겠다.

[PCRPrimer] 밑에 [Evaluate a Primer] 기능은 임의로 선택한 서열이
primer로 사용 가능한지 판단할 수 있는 몇몇 변수들을 보여준다.

18-21/24-27bp 정도를 선택하여 primer로 적합한지 확인 할것.
몇가지를 고려 해주어서 확인.
Dimer/Hairpin Formation 갯수는 적을수록
End Stability 는 High
GC content는 너무 눞지 않게
Tm값은 일정하게 (Forword가 55도이면 Reverse도 55도)
하는것이 좋다.

다음은 primer 제작에 고려되어야 할 사항들을 요약한 것이다.

PCR Primer 제작.hwp