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awk 사용법


Blast를 수행 시 -m 8을 하면 자료 뽑아내기가 쉬운 것을 알고 있다.
근데 리눅스에서는 awk라는 명령어를 사용하여 별도의 코딩을 하지 않고
일정 값 이상/이하의 결과들만 골라서 볼 수 있다.
-biodb의 wiki에 정리해둔 것이 있었는데...;;;

구글 뒤져보니 본인이 원하는 기능의 awk 기능을 잘 설명해 놓은 것이 있어서
그대로 옮겨보도록 한다. ㅋ

출처: :+:하늘을 닮은 호수:+:

-m 옵셥에서 8값을 선택한 결과 파일 (blastout.file) 에서 score가 100 이상의 결과들만 뽑길 원하는 경우
> awk '$12 > 100 { print $2 }' blastout.file

본 문장을 응용하면 결과값에 특정 문자열만 들어가 있는 것을 포함/제외 하고
출력하기, 결과값이 중복된 것이 있으면 sort를 이용하여 제거 할 수도 있으니
참 간편하지요? ;;;

그걸 몰랐던 학부 시절 때 하나하나 python으로 삽질하던 기억을 하면;; 아놔;;;
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Posted by gwlee

2009/12/09 22:00 2009/12/09 22:00
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uniq

참조 wiki's uniq

uniq는 텍스트 파일내에 중복된 내용의 행이 연속으로 있으면 중복없이 하나의 행으로 만들어주는 Unix 유틸리티이다. uniq는 일종의 필터 프로그램(filter program)으로 보통 sort뒤에 덧붙여 사용된다. 또한 -d옵션을 적용하여 중복되는 행만을 볼 수 있거나, -c 옵션을 적용하여 중복행의 중복횟수를 출력할 수 있다.

한 예로 어떤 파일에 중복되는 내용의 행을 정렬하고 중복횟수를 세어 오름차순 정리한다면 :

sort file | uniq -c | sort -n

위와 같이 적용하면 된다.

쉘 스크립트(shell script)에서 파이프라인을 삽입하여 uniq를 sort와 함께 실행하는 것이다. 여기서 주의해야 할 점은 uniq는 파일 내용이 미리 정렬되어 있는 상태에서 실행가능하다. 만약 다음과 같은 내용으로 구성된 fruits.txt파일이 있다고 하자.

orange
apple
apple
orange
orange
apple

여기서 바로

uniq -c fruits.txt

라고 실행시키면 결과는 다음과 같다.

1 orange
2 apple
2 orange
1 apple

정렬이 이루어지지 않은 상태에서 uniq를 적용하였기에 위와 같은 결과가 얻어지는 것이다.

참고로 만약

sort -u fruits.txt

를 실행시키면

apple
orange


 

sort fruits.txt | uniq -c

를 실행시키면

3 apple
3 orange


위와 같은 결과가 나오게 된다. 이것은 파일내용을 정렬시켜 중복되는 것을 하나로 표현하는 것이다. 즉, 결론지으면 uniq는 파일에 전체적으로 분산된 중복을 한번에 잡아내지 못한다. 따라서 정렬하여 순차적으로 만든 뒤에 적용한다.

 

 

옵션 보기

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2009/05/25 12:26 2009/05/25 12:26
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윈도우 XP 설치시 용량 표시


Windows XP Pro 오리지널버전 설치시 48Bit LBA 문제로
100G가 넘는 하드의 경우 전체 용량을 제대로 인식 못한다.

설치 CD자체에 SP이 적용되어 있는 CD의 경우 설치시 하드 표기
관련에 문제가 없다고 합니다. 대용량 하드를 하나로 쓰시고 싶은
분들은 모 그렇게 사용하십시요.. ^^

오리지널 버전 설치하고  SP적용시키면
문제없이 제 용량 다 인식 한다고 합니다. ^^


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2009/04/18 06:34 2009/04/18 06:34
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iptables 사용



내 책상위에 있는 리눅스에 아파치 가동시키고
내 책상위에 있는 윈도우에서 접속하려니 안돼는거 가지고
주임님이랑 30분정도 쌩쑈했는데...

결국은 80포트 닫혀있었다는거..;;

구글링해서 iptables 명령어 이용해서 하다가 도리어 localhost도 막혀서 잠시 당황..

그냥 gui 도구를 이용해서 80 포트 오픈~ ^^

그리고 나중에 ssh 통해서 할 것을 대비해서 리눅스에서 포트 열려면
어떻게 해야 하는지 짤막 로그.. ^^


vi /etc/sysconfig/iptables

-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 80 -j ACCEPT

위의 양식과 같이 추가해주시고 저장하고 나와서
살포시 iptables 재시작
/etc/rc.d/init.d/iptables restart

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2009/04/09 20:14 2009/04/09 20:14
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Windows hosts 파일 변경하기

NT 사용자
C:\WINNT\system32\drivers\etc\hosts

WinXP사용자
C:\WINDOWS\system32\drivers\etc\hosts

해당 hosts파일을 notepad로 열어 수정해주면 된다.
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2009/04/01 21:46 2009/04/01 21:46
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하드웨어 및 모듈 로그 명령어


리눅스 설치 시 하드웨어 문제 발생시
사용할 만한 명령어들..

dmesg: 부팅하면서 남긴 모든 로그 보여줌
lspci: 어떤 하드웨어들이 인식되었는지 확인
lsmod: 하드웨어 관련 모듈중 어떤 모듈들이 올라와 있는 보여줌

snp 서버 셋팅하면서 엄청 많이 친 명령어.. ㅋㅋ
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2009/03/17 21:20 2009/03/17 21:20
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애플 하드웨어 테스트

부팅이 30분이 지나도 안돼길래
맥시디 넣고 [ D]키 눌러서 AHT 후에 나타나는 에러코드

Error Code 출처
Code:
4SNS/1/40000000 : TB0T ( 혹은 TBOT )
  • 원인: 하드웨어 테스트 시 베터리 미장착
  • 해결: 베터리 장착 후 다시 테스트
  • 이 에러도 구글링 시 로직보드 에러라 하는 분들도 많습니다만 베터리를 빼고 테스트 후 다시 연결하고 테스트, 그리고 다시 빼고 테스트 해본 경험으로 봐서는 일단 베터리가 없는 상태에서 나타나는 에러 코드인것 같습니다.

젠장.....

아직 포맷은 안했는데 이거 괜히 새로 깔았나??
여하튼.. 새로 포맷하고 고고씽 할 계획~ 유후~

젠장.. 구글링좀 해볼껄..

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2009/03/14 03:01 2009/03/14 03:01
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  1. Phentermine prescription.

    Tracked from Phentermine 37.5. 2010/03/06 10:40 Delete

    Phentermine no prescription. Buy phentermine online. Phentermine with no prescription. Phentermine 37.5.

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Mac OS 재설치


Mac Os 안의 GUI 시스템을 이용하지 않고
윈도우 처럼 시디롬으로 부팅시켜서 설치하고 싶은건
나 혼자만의 생각이냐?? ;;

여하튼..
시디롬 넣고 부팅하면서 [C]키 계속 눌러주면 시디 읽어서 부팅

시디롬 넣고 부팅하면서 [D]키 계속 눌러주면 Hadaware Test

-그냥 영문키입니다. ^^

나 에러났었는데.. 새로 설치하니 잘 켜짐 이거 모임??
JBoss Mac이랑 안맞나? 아님 Mac용 JBoss 따로 있는거였니?? ㅠㅠ
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2009/03/14 02:17 2009/03/14 02:17
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Mac에서 Tomcat 구축


Mac 사양은 기존과 동일
(설마 또 다른 Mac 샀을까바.. ㅋ)

아파치와 php는 지난 셋팅과 동일

거기에 Servlet/JSP 컨테이너인 Tomcat을 구축하려고 쌩쑈중.. ㅎㅎ
-리눅스에서도 구축을 못했는데..;;;; Mac에서 될 쏘냐..;;

여하튼...
이번주 안으로 리눅스/Mac 두군데에다 모두
httpd+WAS(Tomcat or JBoss)+Spring+Hibernate를 설치하고,
Eclipse로 개발할 수 있는  상태로 만들어야 할텐데.. ^^









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2009/03/03 21:24 2009/03/03 21:24
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좀비 프로세스 죽이기


#ps -ef|grep defunct | awk '{print $3}' | xargs kill -9

프로세스중에 defunct라는 문자열이 포함된 프로세스를 확인
 awk로 세번째 컬럼(프로세스 id 캡쳐)
그다음에 프로세스 id로 kill하는 거겠죠? ^^
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2009/03/03 13:19 2009/03/03 13:19
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