gwLee's study

-본 연구 아이디어의 기본 아이디어는 제 뒷자리에 앉아있는 김원기박사로부터
 시작되었습니다.

출처: 영문 Wiki, 한글 Wiki

비타민(Vitamin)이란?  생명체가 살아가는 데 중요한 역할을 하는 분자로, 많은 양이 필요하진 않지만 몸에서 아예 만들어지지 않거나 충분하게 만들어지지 않기 때문에 음식으로부터 섭취해야만 하는 분자들.

2010년 2월 어느날 BGI의 한 프로젝트 기사
원래는 기사 다 볼수있었는데... 여튼..
내용은 1,000개의 식물과 동물(설마 각각 1,000종;;; ㅎㄷㄷㄷ) 게놈시퀀싱 프로젝트의 일부분으로 Big Cats Genome Project를 진행한다는...

Big Cats..  란,바로 Amur tiger, the South China tiger, the Bengal tiger, the Asian lion, the African lion, the cloud leopard, and the snow leopard 이 녀석들을 가리킵니다.

근데, 도입부의 비타민과 Big Cats들이 무슨상관인데??
우리 인간들은 식물과 약제로써 비타민을 보충하는데 육식동물들은 식물을 먹지
않음에도 뜀박질하면서 사냥하고 잘산다.

하긴 그녀석들은 고기를 날로 먹으니 거기에서도 비타민을 섭취가능하지만
그런 것이 활동유지에 필요한 만큼될까? 된다면.... 이연구 접어야지 모;; 제길..

여튼 이 연구 아이디어는 육식동물에게는 우리와 달리 게놈이나
장내 미생물에서 비타민을 합성하는 녀석들이 있지 않을까라는 의문에서
시작했습니다.
(사실 김박사의 기본 아이디어가 아니었으면 모 돈많고 인간수 되니깐 일단
시퀀싱하고 보는구나 라고 했는데...  사실 일단 그게 진실일듯;; ㅋㅋ)

그래서 식물에서 비타민 관련 유전자를 다음의 Keyword로 선별하였습니다.
vitamin = ['retinol','retinal','retinoids','carotenoids','thiamine','riboflavin','niacinamide',
 'niacin','pantothenic acid','pyridoxine','pyridoxamine','pyridoxal','Biotin',
 'folinic acid','folic acid','cyanocobalamin','hydroxycobalamin',
 'methylcobalamin','ascorbic acid','ergocalciferol','cholecalciferol','tocopherols',
 'tocotrienols','menaquinones','phylloquinone']

그리고 근래 시퀀싱된 인제 장내 미생물의 meta genome sequence와
단순 blast로 비교해보고 있습니다.
역시 장내 미생물에서 비타민관련 유전자들은 적은것 같습니다.
(이 아이디어가 성립되려면 당연히 인체 장내 미생물들은 비타민과 관련이 없어야겠지요.. ^^)

어차피 중국이 Illumina와 454, SOLiD를 미친듯이 사서 돌리고있지만..
내년이면 나오는건 아니겠지?? ;;;

연구실에 돌아갈쯔음에서는 Big Cats 뿐만아니라 Big Cats의 장내 미생물들도
Genome project  선언하고 결과보여주면 감사할듯 합니다.

크리에이티브 커먼즈 라이센스

이 저작물은 크리에이티브 커먼즈 코리아 저작자표시-비영리-변경금지 2.0 대한민국 라이센스에 따라 이용하실 수 있습니다.

Posted by gwlee

면역학 수업을 한번이라도 받아봤으면 들어봤었음직한 단어
MHC ( Major Histocompatibility Complex) !!!

본 이 아이디어는 실험실 후배인 작은 지웅이의 아이디어 제공자임.
금년 겨울(09년 1,2월달쯔음) 해볼려다가 시간에 쫓기는 관계로(<-완존핑계) 미룸.. ㅋㅋ

MHC는 바이러스, 세균 등등 우리몸에 해로울 것같은 것들(항원)의 단백질 단편을
확보하여 T-Cell 수용체에 인지시켜준다.
-확률적으로.... 항원의 것인데 자기자신의 단백질이라고 판단 할 수 있는 경우도
 발생할 수 있다. 완전한 구분이 되면 좋겠지만, 현실은 항상 그렇지 않음을 말해준다.

여하튼, T-Cell에 항원의 단백질 단편을 가져다 줄때 어떻게 이 단백질 단편들을
가져다 줄까??  MHC가 항원이 되는 단백질 단편과 Binding을 하게된다.
여기서 또 문제가 있다.
단백질 단편과 MHC가 결합을 하는데 MHC가 자신만의 Style이 있어, 자신만의 Style대로 움직인다.
결론적으로 자기가 결합하기 좋아하는 서열들과만 결합한다는 것!!
그럼 어떻게 되는가?? 어느 특정 서열을 가지는 항원의 단백질 단편들만 T-Cell에 보여주고 다른 서열을 가지고 있는 항원의 단백질 단편들은 T-Cell에 보여주지 않게되므로
T-Cell이 인지못했던 단백질 단편을 가지고 있는 항원은 우리 몸에서 활개를 치게된다.

다행이 MHC는 우리가 생각하지도 못할 만큼의 종류를 가지고 있다. 인간의 경우
염색체 6번에 존재하는 여러 Gene에 의해서 결합할 수 있는 단백질 단편의 Style이
결정되는데 다행이도 그 Gene들의 조합으로 만들어지는 Style는 무궁무진하다.

그러나 모든 사람들이 같은 MHC를 만들어 내는 것은 아니다.
각자 못만들어내는 Style이 있고, 만들어 내는 Style이 있다.
생성되는 Style의 한계로 어떤 이는 어떤 질병에 보다 취약 할 수도 있고, 더 잘 대처할 수도 있게된다.

본 연구는 6번 염색체의 MHC와 관련된 Gene들의 서열들을 확인하여
어떤 사람들이 어떤 질병에 취약하거나, 대처가 가능한 것을 확인하고자 하는데에
그 의의가 있다.

현재 MHC 정보는 NCBI의 dbMHC에 정보가 공개되어 있어 확인이 가능하며, 인간 염색체의 서열 정보를 확인 할 수 있는 몇몇 대형 프로젝트에서 6번 염색체의 특정부분의 서열을 확보 할 수 있으므로 보다 많은 정보를 확보할 수 있으며 이 정보를 가공하여 원하는 정보를 도출 해 낼 수 있을 것이다.

결론은 나중에 학교다시가면 해보고 싶다는 얘기라지요..;; ㅋㅋ

크리에이티브 커먼즈 라이센스

이 저작물은 크리에이티브 커먼즈 코리아 저작자표시-비영리-변경금지 2.0 대한민국 라이센스에 따라 이용하실 수 있습니다.

Posted by gwlee

한국 신화를 찾아서....
라는 EBS 다큐 프라임 프로를 보면서 포스팅 거리 찾음. ^^

이 연구 주제의 모티브는 당연 아버지시라는... 응??
근데 정말임.. ㅋㅋ

쉽게 얘기해서 인류 문명 이동 경로 조사?
이건 누구나 생각할 수 있는 연구 주제입니다.
-지도교수님께서 관심을 가지고 계시고, 분석을 하고 계시는 것으로 알고있는데..;;

다만 접근법이 문제입니다. 진짜 그럴싸한 모티브가 있어야 합니다.
왜 이런 연구를 해야 하는가..

연구 주제의 기본 베이스는 기독교입니다.
알러지 반응이나 거부 반응 일어나시면 그냥 나가시라는.. ^^

인류 문명 이동 경로 조사의 기본 모티브가 되는 정보가 두개가 있습니다.
바로 고조선 건국 신화와 성경에 나오는 이스라엘 12지파입니다.
그리고...

중앙아시아 쪽에서 내려오고 있는 몇몇 건국 신화들이
고조선의 건국 신화와 내용이 너무나도 유사하다는 것입니다.
(고조선, 즉 극동아시아쪽으로 오면서 스토리 또한 깔끔해집니다.)

고조선 건국 신화에 단군과 곰, 호랑이가 나옵니다.
여기서 곰과 호랑이가 진짜 동물이 아닌 곰/호랑이를 모시는 부족인 것을
많은 매체를 통해 알고 계시리라 봅니다.

그리고 단군 또한 한 개인일 수 도있지만, '단군', '단'이라는 이름을 쓰는
사람이 속한 어떤 외부 부족일 수도 있습니다.

이스라엘 12 지파에는 '단'이라는 지파가 있습니다.
구약 성경에 기록되다 어느 시점 이후부터는 등장하지 않는 지파 입니다.

※주의
단군 신화의 역사 시간대와 성경 기록및 이스라엘 12 지파가 존재 했던
역사 시간대가 동일 하냐라는 질문에 대해서는 저도 모릅니다.
두 역사적인 일들이 이 같은 시간대에 있길 바랄뿐입니다. ^^


여기서 아버지의 주장은 [이 '단'이라는 단이라는 발음이 쉽지 않을 뿐 더러
그렇게 흔히 쓰이는 단어였을까??] 라는 것입니다.

현재 전 세계적으로 많은 유전체 분석 프로젝트들이 진행중에 있습니다.
모든 유전체 프로젝트 결과물(Raw Data)에 접근 할 수 있는 것은 아니지만
많은 데이터에 접근 가능합니다.

많은 데이터 중 중동 지역과 중앙 아시아, 동남 아시아, 극동아시아의
민족들에 대한 유전체 정보를 수집하여 분석하면 어떨까하는... ^^

데이터는 찾아보면 충분히 있을 것이고,

제가 실제로 분석 하려고 하는 시점에 가서는 더 좋은 데이터 질과
분석 도구들이 나와있을 수도 있으니.. ㅎㅎ ^^

크리에이티브 커먼즈 라이센스

이 저작물은 크리에이티브 커먼즈 코리아 저작자표시-비영리-변경금지 2.0 대한민국 라이센스에 따라 이용하실 수 있습니다.

Posted by gwlee

이제 CNV에 대한 연구도 진행되는 듯 하네요

CNV하니 작년에 유전체 학회 포스터  접수할 때
써낸 초록 하나가 생각나네요.. 결국 그 포스터는
끝맺음을 못맺어 포기하고 miRNA였나? 질병과 관련한 포스터를
조그마하게 냈었지요..

CNV관련의 포스터의 주된 내용은
개개인마다 질병이나 약제에 대한 반응이 다 다른것은 개개인마다
변이가 일어나서이긴 한데 그것이 CNV나 SNP 등이 각각 작용하는 것이
아니라 두 요인이 함께 작용하는 것이기 때문이다 라는... 것이었죠...

결과적으로 연구는 실패였지만, 결과가 둘이 관계가 없다로 나온게 아니라
제 저질 능력으로 인해 결과를 확인못해서 라는... ㅋ

여하튼..
CNV가 먼저됐던 SNP가 먼저 돼었던 간에

어떤 약제에 대한 알러지 반응이 특정 SNP type을 가지는 사람에게만 나타난다고 가정한 경우, 그 알러지 반응도 개개인마다 어떤 사람은 재채기 수준에서 어떤 사람은 생명을 좌지우지하는 수준까지 이르기도 한다. 이 경우 무엇이 문제일까?

동일한 SNP Type을 가지고 있으면서도 다른 성향을 보이는 이유는??
동일한 SNP Type이지만 해당 SNP가 포함된 CNV의 Copy수가 사람마다 다르다.
혹은 같은 Copy의 CNV를 가지고 있으면서 다른 성향을 보이는 이유는??
동일한 Copy의 CNV를 가지고 있지만 포함되는 SNP Type이 차이가 난다.

이런 가설하에 작업을 시작해 보았는데...
당시 CNV/SNP 분석 툴이나 해석 능력을 파악하지 못한채 접근한 것이
화근이었습죠.. 켁..;;

당시  affy 500k 칩으로 실험한 논문을 집중적으로 탐독해서
질병 관련 논문들을 찾았고, 증상에 대해 언급이 되는 논문들로
모아서 데이터를 돌려본것으로 기억됩니다.

ref 데이터는 affy에서 제공하는 32? 42?명의 affy 500k로 실험된 데이터를 사용했고요

지금은 1M짜리 Illumina 제품들도 나오니... ㅎㅎ (아닌가??)

가설을 좀더 보강해서 분석해보는 것도 좋을 듯 싶습니다.

제가 학교로 돌아가면 위와 관련한 연구가 진행안되면 해볼요량입니다. ㅋ
식물체도 해야하는데.. 참.. 욕심은 많아요.. ㅋㅋ

크리에이티브 커먼즈 라이센스

이 저작물은 크리에이티브 커먼즈 코리아 저작자표시-비영리-변경금지 2.0 대한민국 라이센스에 따라 이용하실 수 있습니다.

Posted by gwlee